Като структурно звено на СУ мисията на Центъра за изследване на религиите е общоуниверситетска, а дейността му има интердисциплинарен характер. Разработвайки научно-изследователски и образователни проекти, ЦИР има за цел да допринесе за развитието на СУ „Св. Климент Охридски” като водещ изследователски университет на национално и международно равнище по няколко основни линии:

•    развитие на научния интерес към изучаването на религиите от гледна точка на съвременните хуманитарни и социални науки;
•    изработване на парадигма на взаимодействие между научните подходи на религиознанието и теологията;
•    предоставяне на подходяща институционална рамка за разработване и реализация на интердисциплинарни научни проекти;
•    акумулиране на академична компетентност, която ще даде възможност на Университета да съдейства по авторитетен начин при изработване на държавните политики в различни сфери, пряко или косвено свързани с религията.